Kovose su bermontininkais šaulių būriai naudojo leistinus ir neleistinus kariavimo būdus. Kaip minėti faktai rodo, tai buvo efektyvi pagalba kariuomenei vejant bermontininkus iš Lietuvos.

Dar vykstant kovoms su bermontininkais, Aukštaitijoje jau prasidėjo susidūrimai su lenkais. Ypač čia pasižymėjo Alytaus šauliai. Kaip rašoma M. Šalčiaus atsiminimuose „...jie daugiau kaip keturis mėnesius narsiai rėmėsi su gausiomis lenkų reguliariškos kariuomenės gaujomis ir vietomis (Merkinėj) išvarė lenkų dalis iš užimtų pozicijų ir nieku būdu neleido jam jų atsiimti“.16 Šios kovos buvo vietinio, t. y. partizaninio, pobūdžio. Kiekvienas šaulių būrys kovojo savarankiškai – nebuvo centralizuoto vadovavimo. Todėl 1919 m. gruodžio 5 d. pasirašyta Vyriausiojo kariuomenės vado Prano Liatuko, generalinio štabo viršininko Nastopkos ir žvalgybos skyriaus viršininko M. Lipčiaus įsakymas brigadų vadams ir komendantams. Įsakyme buvo sakoma, „kad „šauliai“, susiorganizavo be žinios Centro valdybos, esančios Kaune, gyvuoja be teisėto leidimo ir nekuriais atvejais turi visai kitus tikslus, o ne kovą su priešu“.17 Turėdamas galvoje tuos faktus, Vyriausias kariuomenės vadas liepė atsiųsti šaulių būrių sąrašus ir nurodyti, kur jie stovi, kas vadai ir kiek turi ginklų. Tie būriai, kurie nepaklusią įstatymui, turi būti nuginkluoti, tačiau dauguma šaulių būrių buvo užsiregistravę Centro valdyboje ir vykdė jos įsakymus. Kaip jau minėta, labai aktyvūs Alytaus šauliai. Pačių kovų su bermontininkais įkarštyje Centro valdyba gavo Alytaus šaulių skyriaus vado P. J. Marcinkevičiaus raštą, kuriame siūloma pradėti kovą su lenkais. Centro valdyba atsakė, kad dabar nepalankus metas pulti lenkus, nes Lietuva negali kovoti dviem frontais (su bermontininkais ir lenkais). Todėl vietos šauliai gali tik siųsti savanorius ir pinigus padėti kovojantiems su bermontininkais arba ginti vietinius gyventojus nuo lenkų savo iniciatyva organizuodami partizanų būrius „...anapus ir šiapus linijos.“18

1920 m. pavasarį ir vasarą, kai lenkai bolševikų spaudžiami pakriko ir ėmė bėgti iš okupuotų Lietuvos dalių, šauliai gaudė miškuose pasilikusius jų būrius ir likviduodavo. Prasidėjus rimtesniems susidūrimams su lenkais, 1920 m. rugsėjo 17 d. buvo įsteigtas „Šaulių fronto štabas“.19 Jo viršininku buvo paskirtas M. Šalčius. Štabo paskirtis buvo koordinuoti šaulių veiklą fronte ir užfrontėje. Iš pradžių štabas buvo Alytuje, o vėliau persikėlė į Kauną. Taip pat buvo įsteigti lauko štabai Kalbarijoje (I), Ukmergėje (II), Utenoje (III), Alytuje (IV) ir Kaune(V).20 Šaulių lauko štabas vadovavo lauko štabams, bet pats nurodymus gaudavo iš Centro valdybos, kuriai kasdien pranešinėdavo apie būklę fronte.

Lenkų kariuomenė, sumušusi bolševikus, siekė juos persekioti ir Lietuvos teritorijoje. 1920 m. rugsėjo 22 d. jie pralaužė frontą, puolė ruožą nuo Žagarės iki Gibų, paėmė Seinus ir ėjo Druskininkų link. Lietuvos kariuomenė buvo sumušta ir traukėsi.