Tuo pačiu metu į karo veiksmus įsitraukė ir kiti pietryčių būriai – Punsko, Šeštokų, Graziškių, Vyštyčio, Kučiūnų, Nemunaičio, Nedzingės, Puročių ir Mergažerio. Kadangi lenkų išpuolių vis dažnėjo, M. Šalčius nusprendė organizuoti šaulių brigadas po 2000, ekspedicinius pulkus po 300–400 žmonių kovai priešo užnugaryje.31 Tačiau šie planai nebuvo įgyvendinti – į frontą buvo pasiųsti iš Kauno tik du būriai.

Lietuvos šaulių sąjungos būriai aktyviai kovojo ir Želigovskio operacijos metu. Tai pripažįsta ir 13 lenkų ulonų pulko mjr. S. Aleksandrovičius: „Turėjome nuostolių nuo jų partizanų „šaulių“. Sekė mus iš uždangos, iš miškų pakraščių ar iš už pelkių mus apšaudinėjo. Paimti į nelaisvę su ginklu rankose ir nuteisti sušaudyti – neleisdavo sau užrišti akių. Mirdavo drąsiai ir su orumu, atiduodami gyvybes atskirumo ir nepriklausomybės idėjai.“32

Svarbiausiose kautynėse su lenkais ties Širvintais ir Giedraičiais šaulių būriai, buvę toje teritorijoje, aktyviai talkino kariuomenei. Tai įrodo ir 1920 m. lapkričio 21 d. 12 val. CV pasirašytas įsakymas šaulių būriams: „Visomis pajėgomis padėti kariuomenei“.33 Aktyvi šaulių kova lenkų fronte nebuvo nepastebėta ir politikų. Šaulių sąjungos veiksmus Steigiamojo seimo lenkų frakcija apskundė Tautų sąjungai. Savo pareiškime jie rašė, kad „Šaulių sąjunga susitepė krauju, šaudydama 1920 lapkričio mėnesį daugybę Alytaus apskrities lenkų.“34 Panašaus pobūdžio pareiškimus darydavo ir lietuviai, kaltindami lenkų kariuomenę tokiomis pačiomis nuodėmėmis.

Per visus Nepriklausomybės kovų metus Šaulių sąjungos ir kariuomenės santykiai buvo įtempti. Mjr. J. Petruitis šaulius vadino „banditais ir vaikais gimnazistais, kurie nereikalingi užfrontei.“35 Neigiamai vertino ir 2-ojo pulko vadas mjr. Laurinaitis, pabrėždamas, kad patriotų tarp jų nedaug, ginklus gavo „naminiai bolševikai“, jie demoralizuoja kareivius, neturi mokytų vadų ir nemoka kariauti, tuo tarpu gauna ginklų, kurių taip trūksta kariuomenei.36 Šiems nesutarimams pašalinti buvo įsteigta Vyriausiojo šaulių sąjungos Karo instruktoriaus institucija. Karo instruktorius padalijo visą lenkų pafrontės zoną į rajonus ir paskyrė rajoninius instruktorius. Rugsėjo 9 d. Karo instruktoriaus instituciją įtvirtino Steigiamasis Seimas priėmęs naująjį 1921 m. liepos 7 d. Šaulių sąjungos įstatymą. Šį postą gavo mjr. S. Zaskevičius. Rajoniniais instruktoriais buvo paskirti vyr. ltn. Adolfas Klibas, vyr. ltn. Pridotka, ltn. Luža, ltn. Laugalis ir kt.37 Rajonų instruktoriai ne tik koordinavo šaulių būrių veiklą savo priskirtame rajone, bet ir vykdė žvalgybos užduotis.

1920 m. lapkričio 29 d. buvo pasirašytas susitarimas tarp kariaujančių pusių. Jis nustatė 6 km neutraliąją zoną, kurioje aktyviai veikė tik Šaulių sąjungos būriai. 1921 m. spalio 17 d. generalinio štabo įsakymas skelbė, kad „reikia išnaudoti šaulius. Kad dabar šauliai