Lietuvių mokslinė visuomenė po šios nesėkmės nenuleido rankų ir ryžosi vien savo jėgomis, be valstybės paramos, įsteigti aukštąją mokyklą Lietuvoje. Buvo nutarta suburti Aukštųjų mokslų draugiją, kuri kaip juridinis asmuo galėjo įgyti turto, steigti privačias mokyklas. 1919 m. gruodžio 6 d. Kauno apskrities viršininkas patvirtino šios draugijos įstatus. Po draugijos įstatais pasirašė jos steigėjai: Z. Žemaitis, E. Volteris, J. Tūbelis, J. Vabalas-Gudaitis, M. Nasvytis, T. Ivanauskas, K. Vasiliauskas, A Janulaitis²¹. Aukštųjų mokslų draugijos tikslas, kaip pabrėžta jos įstatuose, „skleisti ir remti Lietuvoje aukštuosius mokslus. Šiam tikslui pasiekti draugija: a) steigia ir remia visokias aukštųjų mokslų įstaigas; b) organizuoja paskaitas iš aukštųjų mokslų srities; c) leidžia mokslo knygas ir laikraščius; d) šelpia aukštuosius mokslus einančią jaunuomenę"²¹. Vienintelis ir svarbiausias draugijos uždavinys buvo įkurti ir išlaikyti Aukštuosius kursus. 1919 m. gruodžio 14 d. Z. Žemaitis per spaudą kreipėsi į Lietuvos visuomenę, kviesdamas ją kuo gausiau stoti į Aukštųjų mokslų draugiją šelpėjais, tikraisiais, labdariais ir amžinais nariais (priklausomai nuo metinio nario mokesčio dydžio -20,100,5000,25000 auksinų), aukoti draugijai, kad ji galėtų įsteigti aukštąją mokyklą Lietuvoje²². „Visų aukotojų vardai aukso raidėmis bus įrašyti į mūsų kultūros istorijos lapus"²³, - rašė Aukštųjų mokslų draugijos taryba. Aukščiausia draugijos valdžia buvo visuotinis narių susirinkimas, kuris rinkdavo tarybą iš 19 narių, taip pat jos pirmininką, sekretorių ir iždininką.

Aukštųjų mokslų draugijos taryba, vadovaujama žymaus mokslininko, miškų ūkio specialisto P. Matulionio, 1919 m. gruodžio 23 d. raštu Nr. 1 pranešė švietimo ministrui, kad dėl lėšų trūkumo valdžiai atsisakius paremti iniciatorių grupės sumanymą įsteigti Universiteto kursus Kaune, šiuo reikalu toliau rūpinasi Aukštųjų mokslų draugija. Rašte prašoma patvirtinti draugijos steigiamų Aukštųjų kursų įstatus, mokymo planus ir leisti pradėti darbą²⁴. Švietimo ministras 1919 m. gruodžio 27 d. patvirtino įstatus^2S.

Aukštieji kursai - tai universiteto tipo privati aukštoji mokykla. Jų įstatų (statuto) pirmasis straipsnis teigė, jog „Aukštieji kursai yra mokslo ir mokymo įstaiga: jie atlieka mokslo tyrinėjimus ir suteikia jaunuomenei įvairių specialybių aukštojo mokslo žinių"²⁵. Aukštuosiuose kursuose buvo numatyti ir veikė 6 skyriai (fakultetai): humanitarinių mokslų, teisių, matematikos ir fizikos, gamtos, medicinos ir technikos. Prireikus galėjo būti steigiami nauji ir reorganizuojami veikiantys skyriai. Aukštųjų kursų klausytojai buvo suskirstyti į tikruosius, turinčius brandos atestatą, ir laisvuosius klausytojus, neturinčius jo. Išlaikę papildomus egzaminus iš vidurinės mokyklos kurso, laisvieji klausytojai galėjo tapti tikraisiais. Mokestis už