Matydamas, jog Lietuvos vyriausybė nesirengia steigti nacionalinės aukštosios mokyklos, Z. Žemaitis siūlė steigti ją visuomeniniais pagrindais. Jo sumanymui pirmieji pritarė J. Vabalas-Gudaitis, T. Ivanauskas ir B. Kuodaitis²⁰. Susibūręs iniciatyvinis - organizacinis aukštosios mokyklos steigimo būrelis (Z. Žemaitis, T. Ivanauskas, A Janulaitis, J. Vabalas-Gudaitis, L. Vailionis) apsvarstė Universiteto kursų (taip iš pradžių vadinosi Aukštieji kursai - Č. M.) steigimo planą, kvietė nemažai mokslinės inteligentijos į pasitarimus dėl kursų struktūros, dėl mokslo personalo parinkimo ir kitais organizaciniais klausimais. Universiteto kursų komisijos vardu 1919 m. spalio 6 d, Z. Žemaitis per spaudą kreipėsi į Lietuvos jaunimą, kviesdamas jį pranešti Švietimo ministerijai, kokius mokslus norėtų studijuoti²¹, kad pagal tai būtų galima planuoti skyrius ir komplektuoti mokslo personalą. Per keletą dienų buvo gauta apie 600 pareiškimų. Dauguma norėjo studijuoti mediciną, techniką ir gamtos mokslus. 1919 m. spalio 8 d. buvo sukviestas žymesnių specialistų pasitarimas, kuriame dalyvavo 18 žmonių. Jam pirmininkavo viceministras P. Mašiotas, sekretoriavo K. Šakenis. Pasitarimas išrinko komisiją Universiteto kursų įstatams parengti. Komisijos nariai - Z. Žemaitis, E. Volteris, A. Janulaitis, J. Vabalas-Gudaitis ir J.Alekna. Parengus Universiteto kursų įstatus, 1919 m. spalio 19 d. buvo sukviestas didesnis pasitarimas, kuriame aptarti įstatai, nutarta kursuose įsteigti 6 skyrius ir išrinktos tiems skyriams organizuoti specialistų komisijos (po tris narius). Komisijos nariai: 1) humanitarinio skyriaus-J. Vabalas-Gudaitis, E. Volteris, J. Eretas; 2) juridinio - A. Janulaitis, V. Mačys, O. Biuchleris; 3) matematikos-fizikos-Z. Žemaitis, P. Mašiotas, K. Šakenis; 4) gamtos -T. Ivanauskas, P. Matulionis, L. Vailionis; 5) medicinos - M. Nasvytis, J. Staugaitis, J. Alekna; 6) technikos - K. Vasiliauskas, J. Mašiotas, J. Šimoliūnas²⁰. Baigusi būtiniausius parengiamuosius darbus skyriuose, organizacinė komisija 1919 m. lapkričio 8 d. įteikė švietimo ministrui J. Tūbeliui prašymą patvirtinti Universiteto kursų, kaip valstybinės mokyklos, veikiančios prie Švietimo ministerijos, įstatus ir mokymo planus. Taip buvo siekiama iš valdžios Universiteto kursams gauti materialinės paramos ir valstybinės aukštosios mokyklos teisių, norėta, kad jų veiklai būtų suteiktas juridinis pagrindas ir saugomos kursų klausytojų bei mokslo personalo teisės. Tačiau švietimo ministras nesutiko su tokiu Universiteto kursų statusu ir nepatvirtino jų įstatų.