Bažnyčios istorijos, ir kaip universitetinės dėstomosios disciplinos, ir kaip mokslinės tiriamosios disciplinos, formavimosi istorija ilga ir sudėtinga. Nors dažnai Bažnyčios istorijos tėvu laikomas Euzebijus iš Cezarėjos ( + 339), kurio Bažnyčios istorijos lietuviškas vertimas neseniai išleistas Vilniuje ir nesunkiai prieinamas skaitančiajai ir istorija besidominčiai visuomenei. Tačiau, versdami Euzebijaus "Bažnyčios istorijos puslapius", suvokiame, koks dar tolimas kelias iki šiuolaikinės mokslinės Bažnyčios istorijos. Tai kelias lyg nuo memuarų knygos iki mokslinio istorijos veikalo.

Savo laiko Bažnyčios istorijos įvykius giliai apmąstė Augusinas, tačiau jo veikalai istorine tema - daugiau istorijos filosofijos ir teologijos veikalai nei Bažnyčios istorija šiuolaikine prasme.

Tik Renesanso laikais, suskambėjus populiariam šūkiui "Atgal prie šaltinių", pradeda formuotis Bažnyčios istorija kaip mokslinio tiriamojo darbo kryptis ir kaip universitetuose dėstoma disciplina. Ir čia pirmavo protestantai. Bažnyčios istorijos, kaip mokslinio tiriamojo darbo krypties, pradininku reiktų laikyti Mattias Flacijų, arba Illiricus ( + 1575), ir jo vadinamąsias Magdeburgo Centurijas (13 centurijų aštuoniuose tomuose išleista 1559-74).

Šiaurės Vokietijos Helmšteto protestantiškame universitete 1650 m. įsteigta pirmoji Bažnyčios istorijos katedra. Šioje katedroje dėstęs Johannas Lorencas Mosheimas pirmasis pradėjęs rašyti Bažnyčios istoriją pragmatiniu genetiniu metodu ir laikomas moderniosios Bažnyčios istorijos tėvu.

Tuo metu katalikiškoji pusė plėtė kritinį istorinių šaltinių vertinimo metodą. Tai švetųjų gyvenimo istorijų - hagiografinių šaltinių kritinis vertinimas, XVII-XVIII amžiuje atliktas Bolandistų bei kardinolo Cezare Baronio (1538-1607) "Annales eccesiastici". Tai pirmieji bandymai parašyti objektyvią ir kritišką Bažnyčios istoriją.

Įdomu, kad šioje Bažnyčios istorijos, kaip mokslo ir universitetinės disciplinos, susiformavimo epochoje (XVII-XVIII amž.) protestantai ir katalikai rašo ne reformuotos ar katalikų, bet apskritai Bažnyčios istoriją. Tai nebuvo bandymas aprašyti kurios nors krikščionybės šakos istoriją, bet visos amžių bėgyje susiskaldžiusios krikščionybės fone visų konfesijų Bažnyčios istorikams buvo svarbus Bažnyčios, kaip Viešpaties (ne žmonių) suburtos bendrijos - Kyriakos ekklesia, įvaizdis ir idealas.

Ar šitaip suprastos ir tokį istorijos kelią nuėjusios Bažnyčios istorija gali būti kuria nors prasme reikšminga ir pasaulietinės istorijos studijoms? Turbūt, žlugus "mokslinio komunizmo" ideologijai, mažai kas neigtų Bažnyčios istorijos, kaip mokslinės disciplinos, reikšmę.