Puolant išorės ir vidaus priešams, kariuomenė viena buvo nepajėgi apginti šalies nepriklausomybės, todėl stichiškai kūrėsi partizanų būriai, pasižymėję kovose su bolševikais. Bet jie buvo blogai organizuoti, ne visi iš tikrųjų gynė Lietuvos nepriklausomybę: tarp jų buvo ir plėšikaujančių gaujų. Taigi kilo būtinybė ir sąlygos įkurti visuomeninę ginkluotą organizaciją; jos iniciatoriai buvo Spaudos biuro prie Ministrų tarybos darbuotojai.

Kai 1919 m. birželio 20–21 d. vokiečiai Šauliuose nukovė ir sužeidė keliolika Lietuvos kareivių, KAM Žvalgybos skyriaus spaudos biuro viršininkas Matas Šalčius su savo bendradarbiais svarstė ginkluotos organizacijos klausimą. Antras, gausesnis, susirinkimas įvyko 1919 m. birželio 22 ir 23 d. Kaune, Finansų ministerijos patalpose. Tuos susirinkimus inicijavo M. Šalčius, Antanas Vienuolis-Žukauskas, Faustas Kirša, Adolfas Klimas ir kt. Susirinkimuose M. Šalčius kalbėjo, kad reikia kreiptis į vyriausybę ir prašyti, kad visi valdininkai būtų apginkluoti ir išmokyti vartoti ginklą. Birželio 27 d. įvykusiame III susirinkime naujoji draugija gavo Šaulių vardą – jį taip pat pasiūlė M. Šalčius.1 Šią organizaciją iš pradžių daugiausia sudarė valdininkai, po darbo mokęsi valdyti ginklą, kad kariuomenei kovojant fronte, galėtų apsiginti nuo vidaus priešų. Krašto apsaugos ministras Antanas Merkys pritarė Šaulių sąjungos kūrimuisi ir aprūpino senais 1870 m. modelio vokiškais šautuvais.2 Liepos 8 d. į šios organizacijos branduolį įsitraukė Vladas Putvinskis, tuo metu dirbęs Tiekimo ir maitinimo ministerijoje, o vėliau tapęs Šaulių sąjungos ideologu ir pirmuoju jos pirmininku.

Kauno šaulių būrys ėmėsi vadovauti siekdamas visus partizanus ir Lietuvos patriotus sukurti į galingą organizaciją. 1919 m. rugsėjo 15 d. KAM patvirtinta Lietuvos šaulių sąjungos įstatus ir ji tapo savarankiška. (Iki rugsėjo 15 d. šauliai veikė prie Lietuvos sporto sąjungos.)

Pirmasis kovinis Šaulių sąjungos išbandymas buvo 1919 m. rugpjūčio 28–29 dienos. Šauliai padėjo likviduoti lenkų POW sąmokslą, kurio tikslas buvo perversmu užimti Lietuvą. Vladas Putvinskis davė ginklų Kaune būrio šauliams, kurie budėjo dieną ir naktį pavojingiausiose Kauno vietose. Sąjungos nariai padėjo suimti sąmokslininkus ir padėjo rasti slaptą jų archyvą, kuris buvo užkastas Nėkrašių sode Kalnų (vėliau Putvinskio) gatvėje.3 Šauliai stovėjo sargyboje prie žvalgybos skyriaus būstinės, kur buvo rastas archyvas. Šiuo laikotarpiu labai aktyviai pasireiškė ir šaulės moterys. Jos budėjo šaulių štabe ir padėjo dešifruoti lenkų archyvą. Likviduojant POW maištą, dalyvavo Ona Putvinskaitė, Birutė ir Aldona Grigaitytės, Janė Markevičiūtė, Kudirkaitė, Marija Nemeikšaitė ir pati Emilija Putvinskienė.4

Lietuvos šaulių sąjungos kūrimasis vyko Nepriklausomybės kovų įkarštyje. Pradžioje partizanams šauliams vadovavo būrių vadai, o vėliau LŠS Centro valdybos paskirti frontų štabai. Kadangi LŠS priklausė KAM, tai visi šaulių būriai turėjo vykdyti ir kariuomenės įsakymus. Vietose jie buvo pavaldūs brigadų vadams ir komendantams.

1919 m. kovose su bermontininkais dalyvavo jau ir Šaulių sąjungos būriai. Spalio 20 d. buvo sudarytas LŠS štabas Kaune. Į jį įėjo