Kursų gyvavimo pabaigoje klausytojų gerokai sumažėjo, nes 1920 m. rudenį vyrai buvo mobilizuoti į kariuomenę, o Lenkijai okupavus Vilniaus kraštą, iš ten kilę klausytojai negrįžo į Kauną tęsti mokslo. 1921 m. gruodžio mėn. kursuose mokėsi 436 klausytojai⁶², kurių daugiau kaip pusė (240) buvo Medicinos skyriuje, Teisių - 65, Humanitarinių mokslų - 42, Technikos - 41, Gamtos - 35 ir Matematikos-fizikos -13. Lietuviai sudarė 54,6%, žydai - 43,1%, kitų tautybių atstovai - 2,3%.

Aukštųjų kursų klausytojai mokėsi 3 semestrus - 1920 m. pavasario ir 1921 m. pavasario ir rudens. 1920 m rudens semestre (nuo 1920 m. spalio 10 d. iki 1921 m. sausio 10 d.)⁶³ mokslas buvo nutrauktas dėl Želigovskio kariuomenės įsiveržimo į Vilniaus kraštą. 1921 m. pavasarį mokslas buvo tęsiamas tik antrame ir Medicinos skyriaus - dešimtame semestre. Taigi tik tų pačių metų vasarą buvo baigtas mokslas visų skyrių pirmame ir Medicinos penktame kursuose. Rudenį mokslas buvo pradėtas I ir tęsiamas III semestre⁶⁴.

Mokymosi Aukštuosiuose kursuose sąlygos buvo labai sunkios. Kursai neturėjo jokio bendrabučio, stipendijų taip pat nebuvo. Dauguma klausytojų, apie 75%, dirbo įvairiose įstaigose, kad užsidirbtų lėšų gyvenimui ir mokesčiui už mokslą, o vakarais mokėsi kursuose. Klausytojo gyvenimo minimumas buvo apie 20 auksinų per dieną, o 2-3 vietų kambario nuoma -apie 150-200 auksinų per mėnesį. Aukštųjų kursų klausytojai buvo susibūrę į tris draugijas - medikų, socialistų ir katalikų⁶⁵.

Apibendrinti tai, kas išdėstyta anksčiau, būtų galima prof. V. Čepinskio žodžiais, pasakytais Steigiamajame seime, svarstant universiteto statutą. Jis pabrėžė, kad Švietimo ministerija, ne itin vertinusi Aukštuosius kursus, kai prireikė kurti universitetą, reikalingų žmonių teranda tiktai Aukštuosiuose kursuose ir apskritai „remiasi tik tuo, ką duoda Aukštieji kursai"⁶⁶. O Aukštieji kursai davė daug. Tai leido Švietimo ministerijai per tris dienas nuo Ministrų kabineto 1922 m. vasario 13 d. priimto nutarimo, įpareigojusio ją įsteigti universitetą, atlikti visą parengiamąjį darbą ir 1922 m. vasario 16 d. iškilmingai atidaryti Lietuvos universitetą. Kokius parengiamuosius darbus galima nuveikti per tris dienas, sprendžiant tokią sudėtingą problemą - universiteto kūrimą, nesunku suvokti: sukviesti svečius į iškilmes ir pakeisti veikiančios aukštosios mokyklos juridinį statusą. Toks parengiamasis darbas ir buvo atliktas. Lietuvos universitetas per tris dienas visiškai perėmė ir toliau tęsė Aukštųjų kursų darbą.

Taigi Aukštųjų kursų reikšmė Lietuvos aukštojo mokslo istorijoje buvo didelė. Nors mokymo lygis dėl lėšų, patalpų, mokymo priemonių ir patyrusių mokslinių pedagoginių kadrų stokos Aukštuosiuose kursuose nebuvo