J. Lelevelis dažnai pareikšdavo savo pažiūrą į istoriją. Dar būdamas studentu Vilniuje, jis pažino Švietimo epochos autorius, skaitė Antoino Ferrando "L'esprit de l'histore", taip pat Lengnet du Fresnoy, kurio veikalą jis turėjo savo bibliotekoje. Iš vokiečių jis žinojo A. Herena. Jau tuomet J. Lelevelis suprato, kad Lenkijos istorija Švietimo epochos požiūriu dar nepradėta rašyti. 1809 m. viename laiške jis rašė: "Nuo seno pamėgęs istoriją, iš pradžių griebiausi geografijos, chronologijos ir geneologijos, vėliau - filosofinės istorijos, su kuria susipažinęs įsiti­kinau, jog arba visai jos nepajėgus būsiu pažinti, arba ją pažinsiu labai negreitai. Neturiu mintyje tapti metrašti­ninku, bet, pažinęs Grodeką, ėmiausi istorinės kritikos ir todėl, kad Vilniuje radau geriausią madžiagą tautų isto­rijos pradžiai, ėmiausi ją tyrinėti. Kad tai naudingas darbas įrodo visi Čackio darbai⁹. Laiške, 1816 m. rašytame tė­vui, skaitome: "Istorijos kursai yra reikalingesni negu filosofija ar technologija"¹⁰. Jis siūlė universitetui įkurti dvi istorijos katedras - visuotinės ir Lenkijos istorijos. Ten pat apgailestavo: "Istorijos mokėjimas yra taip paniekin­tas, taip iškreiptai vetinamas, bet taip mūsų tautai reikalingas". O 1818 m. jis rašė, kad "istorija taip reikalinga bū­tent lietuvių tautai, kad niekas negali jos pakeisti"¹¹. Čia pat jis atsiribojo nuo senosios istorijos sampratos: "Ma­no darbai nėra senojo Niemcevičiaus užrašai, nėra mitai".

Laimėjęs konkursą, 1821 m. liepos 15 d. J. Lelevelis trečią kartą atvyko į Vilnių ir tapo istorijos katedros profesoriumi. Konkurso referato tema buvo "Apie istoriją, jos išsišakojimą ir apie mokslus, kurie yra susiję su is­torija". Jo konkurentu konkurse buvo Paulius Onacevičius. Apie J. Lelevelį Taryboje buvo pasakyta: "Žino tautų ir šimtmečių istoriją ir dėsto ją iš atminties". Iš 13 profesorių universiteto Taryboje už J. Lelevelį balsavo 12. Bet ir trečią kartą Vilniuje jis išbuvo neilgai - iki 1824 m. rugsėjo 6 d., kai dėl filomatų bylos jis buvo pašalintas ne tik iš universiteto, bet ir iš Lietuvos. Vilniuje J. Lelevelis gyveno per 3 kartus iš viso 10 metų, iš to laikotarpio universiteto profesoriumi buvo pastaruosius 3 metus. 38 metų J. Lelevelis paliko Lietuvą visiems laikams. Tik jo palaikai 1929 m. buvo pervežti į Vilnių ir palaidoti Rasų kapinėse. Dar 1818 m. jis rašė: "Išvykti iš Lietuvos niekada neno­rėjau". Vilnius buvo jo jaunystės miestas. Tolimoje emigracijoje, kaip liudija J. Karlovičius, jau senas J. Lelevelis (1859 m.) prisiminė, jog "mėgo kalbėti apie politiką, apie gerus laikus, praleistus Vilniuje, apie lenkų reikalus, apie mūsų kalbą"¹².